-
research open access sample-level enrichment analysis unravels shared stress phenotypes among multiple cancer types
جزئیات بیشتر مقاله- تاریخ ارائه: 1392/07/24
- تاریخ انتشار در تی پی بین: 1392/07/24
- تعداد بازدید: 1100
- تعداد پرسش و پاسخ ها: 0
- شماره تماس دبیرخانه رویداد: -
background: adaptation to stress signals in the tumor microenvironment is a crucial step towards carcinogenic phenotype. the adaptive alterations attained by cells to withstand different types of insults are collectively referred to as the stress phenotypes of cancers. in this manuscript we explore the interrelation of different stress phenotypes in multiple cancer types and ask if these phenotypes could be used to explain prognostic differences among tumor samples. methods: we propose a new approach based on enrichment analysis at the level of samples (sample-level enrichment analysis - slea) in expression profiling datasets. without using a priori phenotypic information about samples, slea calculates an enrichment score per sample per gene set using z-test. this score is used to determine the relative importance of the corresponding pathway or module in different patient groups. results: our analysis shows that tumors significantly upregulating genes related to chromosome instability strongly correlate with worse prognosis in breast cancer. moreover, in multiple tumor types, these tumors upregulate a senescence-bypass transcriptional program and exhibit similar stress phenotypes. conclusions: using slea we are able to find relationships between stress phenotype pathways across multiple cancer types. moreover we show that slea enables the identification of gene sets in correlation with clinical characteristics such as survival, as well as the identification of biological pathways/processes that underlie the pathology of different cancer subgroups.
مقالات جدیدترین رویدادها
-
استفاده از تحلیل اهمیت-عملکرد در ارائه الگوی مدیریت خلاقیت سازمانی و ارائه راهکار جهت بهبود
-
بررسی تاثیر ارزش وجوه نقد مازاد بر ساختار سرمایه شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر سطح افشای ریسک بر قرارداد بدهی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر رتبه بندی اعتباری مبتنی بر مدل امتیاز بازار نوظهور بر نقد شوندگی سهام با تأکید بر خصوصی سازی شرکت ها
-
تأثیر آمیخته بازاریابی پوشاک ایرانی بر تصویر ذهنی مشتری پوشاک ایرانی (هاکوپیان)
-
تعیین رابطه پره اکلامپسی با دی دایمر در زنان باردار
-
بررسی تاثیر ابعاد، موقعیت و شکل بازشوها بر رفتار سقف های دال بتی دوطرفه
-
بررسی تاثیر منابع معنوی بر عملکرد مالی سازمان با در نظر گرفتن اثر میانجی فرآیند و عملکرد هیات مدیره (مورد مطالعه: شرکت خدمات ارتباطی مخابراتی رایتل)
-
میزان انعکاس مسایل تربیت دینی در کتاب فارسی هفتم از منظر دبیران ادبیات فارسی دوره ی اول متوسطه دخترانه شهرستان مرند
-
effect of various nanoclay on the reological behavior of bitumen
مقالات جدیدترین ژورنال ها
-
مدیریت و بررسی افسردگی دانش آموزان دختر مقطع متوسطه دوم در دروان کرونا در شهرستان دزفول
-
مدیریت و بررسی خرد سیاسی در اندیشه ی فردوسی در ادب ایران
-
واکاوی و مدیریت توصیفی قلمدان(جاکلیدی)ضریح در موزه آستان قدس رضوی
-
بررسی تاثیر خلاقیت، دانش و انگیزه کارکنان بر پیشنهادات نوآورانه کارکنان ( مورد مطالعه: هتل های 3 و 4 ستاره استان کرمان)
-
بررسی تاثیر کیفیت سیستم های اطلاعاتی بر تصمیم گیری موفق در شرکتهای تولیدی استان اصفهان (مورد مطالعه: مدیران شرکتهای تولیدی استان اصفهان)
-
بررسی تاثیر وابستگی و تعهد به رابطه بر برون سپاری فعالیت های لجستیک مورد مطالعه: شهرداری آبیک قزوین
-
واکاوی منابع انسانی در زمینه افزایش انگیزه و کارآیی بهتر در سازمانهای دولتی
-
عوامل موثر در حسابرسی بر تجدید ارائه صورت های مالی شرکت های بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی رابطه بین شهرت حسابرس با مدیریت کفایت سرمایه بانک های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
توزیع بار اقتصادی با در نظر گرفتن آلودگی زیست محیطی در سیستم قدرت با استفاده از الگوریتم چند هدفه مبتنی بر معیار پارتو و منطق فازی
سوال خود را در مورد این مقاله مطرح نمایید :