در تخصیص آب برای بخش های مختلف، تعیین نیاز زیست محیطی رودخانه ها یکی از مسائل چالش برانگیز است. هم اکنون در ایران از یک روش ساده هیدرولوژیکی برای این منظور استفاده می شود که می تواند به مرگ رودخانه های پایاب سدها بینجامد. در این مقاله به کمک یک مدل هیدرودینامیکی دوبعدی از روش شبیه سازی زیستگاه استفاده شد و در یک مطالعه موردی اختلاف فاحش دو روش شبیه سازی زیستگاه و هیدرولوژیکی نشان داده شد.