-
gene regulatory network inference: evaluation and application to ovarian cancer allows the prioritization of drug targets
جزئیات بیشتر مقاله- تاریخ ارائه: 1392/07/24
- تاریخ انتشار در تی پی بین: 1392/07/24
- تعداد بازدید: 1000
- تعداد پرسش و پاسخ ها: 0
- شماره تماس دبیرخانه رویداد: -
background: altered networks of gene regulation underlie many complex conditions, including cancer. inferring gene regulatory networks from high-throughput microarray expression data is a fundamental but challenging task in computational systems biology and its translation to genomic medicine. although diverse computational and statistical approaches have been brought to bear on the gene regulatory network inference problem, their relative strengths and disadvantages remain poorly understood, largely because comparative analyses usually consider only small subsets of methods, use only synthetic data, and/or fail to adopt a common measure of inference quality. methods: we report a comprehensive comparative evaluation of nine state-of-the art gene regulatory network inference methods encompassing the main algorithmic approaches (mutual information, correlation, partial correlation, random forests, support vector machines) using 38 simulated datasets and empirical serous papillary ovarian adenocarcinoma expression-microarray data. we then apply the best-performing method to infer normal and cancer networks. we assess the druggability of the proteins encoded by our predicted target genes using thecancerresource and pharmgkb webtools and databases. results: we observe large differences in the accuracy with which these methods predict the underlying gene regulatory network depending on features of the data, network size, topology, experiment type, and parameter settings. applying the best-performing method (the supervised method sirene) to the serous papillary ovarian adenocarcinoma dataset, we infer and rank regulatory interactions, some previously reported and others novel. for selected novel interactions we propose testable mechanistic models linking gene regulation to cancer. using network analysis and visualization, we uncover cross-regulation of angiogenesis-specific genes through three key transcription factors in normal and cancer conditions. druggabilty analysis of proteins encoded by the 10 highestconfidence target genes, and by 15 genes with differential regulation in normal and cancer conditions, reveals 75% to be potential drug targets. conclusions: our study represents a concrete application of gene regulatory network inference to ovarian cancer, demonstrating the complete cycle of computational systems biology research, from genome-scale data analysis via network inference, evaluation of methods, to the generation of novel testable hypotheses, their prioritization for experimental validation, and discovery of potential drug targets.
مقالات جدیدترین رویدادها
-
استفاده از تحلیل اهمیت-عملکرد در ارائه الگوی مدیریت خلاقیت سازمانی و ارائه راهکار جهت بهبود
-
بررسی تاثیر ارزش وجوه نقد مازاد بر ساختار سرمایه شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر سطح افشای ریسک بر قرارداد بدهی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر رتبه بندی اعتباری مبتنی بر مدل امتیاز بازار نوظهور بر نقد شوندگی سهام با تأکید بر خصوصی سازی شرکت ها
-
تأثیر آمیخته بازاریابی پوشاک ایرانی بر تصویر ذهنی مشتری پوشاک ایرانی (هاکوپیان)
-
کمانش موضعی ورق های کامپوزیت لایه ای براساس تئوری زیگزاگ مرتبه بالا با استفاده از روش نوارهای محدود
-
بحران های زیست محیطی و معماری پایدار
-
بررسی استریولوژیکی تعداد گلومرول ها در نارسائی حاد کلیه ناشی از تجویز گلیسرول در موش صحرائی نر
-
بررسی اهداف تربیتی در سیستم نظام آموزشی کشور
-
coal induced production of a rhamnolipid biosurfactant by pseudomonas stutzeri, isolated from the formation water of jharia coalbed
مقالات جدیدترین ژورنال ها
-
مدیریت و بررسی افسردگی دانش آموزان دختر مقطع متوسطه دوم در دروان کرونا در شهرستان دزفول
-
مدیریت و بررسی خرد سیاسی در اندیشه ی فردوسی در ادب ایران
-
واکاوی و مدیریت توصیفی قلمدان(جاکلیدی)ضریح در موزه آستان قدس رضوی
-
بررسی تاثیر خلاقیت، دانش و انگیزه کارکنان بر پیشنهادات نوآورانه کارکنان ( مورد مطالعه: هتل های 3 و 4 ستاره استان کرمان)
-
بررسی تاثیر کیفیت سیستم های اطلاعاتی بر تصمیم گیری موفق در شرکتهای تولیدی استان اصفهان (مورد مطالعه: مدیران شرکتهای تولیدی استان اصفهان)
-
بررسی عوامل تأثیر گذار بر مزیت رقابتی دربین فروشگاه های زنجیره ای رفاه
-
کیفیت اطلاعات حسابداری و سودمندی تصمیم گیری گزارش مالی دولتی
-
شناخت نخبگان فکری و شیوه عمل آن ها در ایران پس از انقلاب
-
نظریه افتراق زنان و تحلیل آن در رمان هرس نوشته نسیم مرعشی
-
analysis and investigation of the relationship between the glass ceiling syndrome and organizational silence
سوال خود را در مورد این مقاله مطرح نمایید :