-
research open access sample-level enrichment analysis unravels shared stress phenotypes among multiple cancer types
جزئیات بیشتر مقاله- تاریخ ارائه: 1392/07/24
- تاریخ انتشار در تی پی بین: 1392/07/24
- تعداد بازدید: 1106
- تعداد پرسش و پاسخ ها: 0
- شماره تماس دبیرخانه رویداد: -
background: adaptation to stress signals in the tumor microenvironment is a crucial step towards carcinogenic phenotype. the adaptive alterations attained by cells to withstand different types of insults are collectively referred to as the stress phenotypes of cancers. in this manuscript we explore the interrelation of different stress phenotypes in multiple cancer types and ask if these phenotypes could be used to explain prognostic differences among tumor samples. methods: we propose a new approach based on enrichment analysis at the level of samples (sample-level enrichment analysis - slea) in expression profiling datasets. without using a priori phenotypic information about samples, slea calculates an enrichment score per sample per gene set using z-test. this score is used to determine the relative importance of the corresponding pathway or module in different patient groups. results: our analysis shows that tumors significantly upregulating genes related to chromosome instability strongly correlate with worse prognosis in breast cancer. moreover, in multiple tumor types, these tumors upregulate a senescence-bypass transcriptional program and exhibit similar stress phenotypes. conclusions: using slea we are able to find relationships between stress phenotype pathways across multiple cancer types. moreover we show that slea enables the identification of gene sets in correlation with clinical characteristics such as survival, as well as the identification of biological pathways/processes that underlie the pathology of different cancer subgroups.
مقالات جدیدترین رویدادها
-
استفاده از تحلیل اهمیت-عملکرد در ارائه الگوی مدیریت خلاقیت سازمانی و ارائه راهکار جهت بهبود
-
بررسی تاثیر ارزش وجوه نقد مازاد بر ساختار سرمایه شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر سطح افشای ریسک بر قرارداد بدهی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر رتبه بندی اعتباری مبتنی بر مدل امتیاز بازار نوظهور بر نقد شوندگی سهام با تأکید بر خصوصی سازی شرکت ها
-
تأثیر آمیخته بازاریابی پوشاک ایرانی بر تصویر ذهنی مشتری پوشاک ایرانی (هاکوپیان)
-
مروری بر کیفیت حسابرسی و عوامل موثر بر آن
-
تجویز خودسرانه آنتی بیوتیک توسط مادران کودکان اسهالی در بیمارستان قدس قزوین
-
روش شناسایی تدابیر پیشگیرانه طراحی اجزای پلهای بتنی در مجاورت محیط های خورنده
-
biaxial stress effects on estimating j under combined mechanical and thermal stresses
-
examining structure–activity correlations of some high activity enzyme preparations for low water media
مقالات جدیدترین ژورنال ها
-
مدیریت و بررسی افسردگی دانش آموزان دختر مقطع متوسطه دوم در دروان کرونا در شهرستان دزفول
-
مدیریت و بررسی خرد سیاسی در اندیشه ی فردوسی در ادب ایران
-
واکاوی و مدیریت توصیفی قلمدان(جاکلیدی)ضریح در موزه آستان قدس رضوی
-
بررسی تاثیر خلاقیت، دانش و انگیزه کارکنان بر پیشنهادات نوآورانه کارکنان ( مورد مطالعه: هتل های 3 و 4 ستاره استان کرمان)
-
بررسی تاثیر کیفیت سیستم های اطلاعاتی بر تصمیم گیری موفق در شرکتهای تولیدی استان اصفهان (مورد مطالعه: مدیران شرکتهای تولیدی استان اصفهان)
-
حمایت قوانین موضوعه از جایگاه شغلی وکیل دادگستری
-
سنجش پتانسیل استفاده از پنل های خورشیدی در پشت بام ساختمان مسکونی جهت تولید برق (مطالعه موردی:شهرستان نوشهر از استان مازندران)
-
بررسی رابطه بین ارتباط والد-فرزندی و ارتباط معلم- دانش آموز با پیشرفت تحصیلی دانش آموزان پسر پایه پنجم دوره ی ابتدایی شهر اهواز
-
تحلیل کیفی نظر متخصصان ایرانی دربارۀ نقش باورهای معنوی و اعتقادی مؤثر در تنظیم هیجان
-
مقایسه شورای حل اختلاف و نهاد میانجی گری درحقوق کیفری ایران
سوال خود را در مورد این مقاله مطرح نمایید :