-
hla typing from rna-seq sequence reads
جزئیات بیشتر مقاله- تاریخ ارائه: 1392/07/24
- تاریخ انتشار در تی پی بین: 1392/07/24
- تعداد بازدید: 1031
- تعداد پرسش و پاسخ ها: 0
- شماره تماس دبیرخانه رویداد: -
we present a method, seq2hla, for obtaining an individual’s human leukocyte antigen (hla) class i and ii typeand expression using standard next generation sequencing rna-seq data. rna-seq reads are mapped against areference database of hla alleles, and hla type, confidence score and locus-specific expression level aredetermined. we successfully applied seq2hla to 50 individuals included in the hapmap project, yielding 100%specificity and 94% sensitivity at a p-value of 0.1 for two-digit hla types. we determined hla type and expressionfor previously un-typed illumina body map tissues and a cohort of korean patients with lung cancer. because thealgorithm uses standard rna-seq reads and requires no change to laboratory protocols, it can be used for bothexisting datasets and future studies, thus adding a new dimension for hla typing and biomarker studies.
مقالات جدیدترین رویدادها
-
استفاده از تحلیل اهمیت-عملکرد در ارائه الگوی مدیریت خلاقیت سازمانی و ارائه راهکار جهت بهبود
-
بررسی تاثیر ارزش وجوه نقد مازاد بر ساختار سرمایه شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر سطح افشای ریسک بر قرارداد بدهی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر رتبه بندی اعتباری مبتنی بر مدل امتیاز بازار نوظهور بر نقد شوندگی سهام با تأکید بر خصوصی سازی شرکت ها
-
تأثیر آمیخته بازاریابی پوشاک ایرانی بر تصویر ذهنی مشتری پوشاک ایرانی (هاکوپیان)
-
بررسی پیشروی ترک در دیوارهای برشی در حالات مختلف آرماتورگذاری
-
بررسی و مقایسه عملکرد آزمایشگاهی دریچه نیم استوانه ای با انحناء در بالادست و دریچه کشویی
-
مقایسه شتاب نگاشت های مقیاس شده و مصنوعی بر اساس طیف لرزه ای طراحی آیین نامه 2800
-
the effect of density-dependent dispersal on the stability of populations
-
degradation kinetics of chlorpyrifos and 3,5,6-trichloro-2-pyridinol (tcp) by fungal communities
مقالات جدیدترین ژورنال ها
-
مدیریت و بررسی افسردگی دانش آموزان دختر مقطع متوسطه دوم در دروان کرونا در شهرستان دزفول
-
مدیریت و بررسی خرد سیاسی در اندیشه ی فردوسی در ادب ایران
-
واکاوی و مدیریت توصیفی قلمدان(جاکلیدی)ضریح در موزه آستان قدس رضوی
-
بررسی تاثیر خلاقیت، دانش و انگیزه کارکنان بر پیشنهادات نوآورانه کارکنان ( مورد مطالعه: هتل های 3 و 4 ستاره استان کرمان)
-
بررسی تاثیر کیفیت سیستم های اطلاعاتی بر تصمیم گیری موفق در شرکتهای تولیدی استان اصفهان (مورد مطالعه: مدیران شرکتهای تولیدی استان اصفهان)
-
مطالعه عددی انتقال گرما از گرم کن پمپ رسانش الکتریکی به سیال دی الکتریک
-
تحولات سبک های یاددهی و یادگیری در هزاره سوم، آموزش مجازی، آموزش الکترونیک، آموزش ترکیبی
-
پیش بینی شفقت به خود بر اساس ذهن آگاهی و بهزیستی روانشناختی دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی واحد همدان
-
بررسی تحلیلی ویژگی های دانش آموز در سند تحول بنیادین آموزش و پرورش و نقد آن با استفاده از « آداب المتعلمین» خواجه نصیر الدین طوسی
-
1, 4-diazabicyclo[2.2.2]octanium diacetate: an effective, mild and reusable catalyst for the synthesis of 2,4,5–trisubstituted imidazoles
سوال خود را در مورد این مقاله مطرح نمایید :