-
gene regulatory network inference: evaluation and application to ovarian cancer allows the prioritization of drug targets
جزئیات بیشتر مقاله- تاریخ ارائه: 1392/07/24
- تاریخ انتشار در تی پی بین: 1392/07/24
- تعداد بازدید: 997
- تعداد پرسش و پاسخ ها: 0
- شماره تماس دبیرخانه رویداد: -
background: altered networks of gene regulation underlie many complex conditions, including cancer. inferring gene regulatory networks from high-throughput microarray expression data is a fundamental but challenging task in computational systems biology and its translation to genomic medicine. although diverse computational and statistical approaches have been brought to bear on the gene regulatory network inference problem, their relative strengths and disadvantages remain poorly understood, largely because comparative analyses usually consider only small subsets of methods, use only synthetic data, and/or fail to adopt a common measure of inference quality. methods: we report a comprehensive comparative evaluation of nine state-of-the art gene regulatory network inference methods encompassing the main algorithmic approaches (mutual information, correlation, partial correlation, random forests, support vector machines) using 38 simulated datasets and empirical serous papillary ovarian adenocarcinoma expression-microarray data. we then apply the best-performing method to infer normal and cancer networks. we assess the druggability of the proteins encoded by our predicted target genes using thecancerresource and pharmgkb webtools and databases. results: we observe large differences in the accuracy with which these methods predict the underlying gene regulatory network depending on features of the data, network size, topology, experiment type, and parameter settings. applying the best-performing method (the supervised method sirene) to the serous papillary ovarian adenocarcinoma dataset, we infer and rank regulatory interactions, some previously reported and others novel. for selected novel interactions we propose testable mechanistic models linking gene regulation to cancer. using network analysis and visualization, we uncover cross-regulation of angiogenesis-specific genes through three key transcription factors in normal and cancer conditions. druggabilty analysis of proteins encoded by the 10 highestconfidence target genes, and by 15 genes with differential regulation in normal and cancer conditions, reveals 75% to be potential drug targets. conclusions: our study represents a concrete application of gene regulatory network inference to ovarian cancer, demonstrating the complete cycle of computational systems biology research, from genome-scale data analysis via network inference, evaluation of methods, to the generation of novel testable hypotheses, their prioritization for experimental validation, and discovery of potential drug targets.
مقالات جدیدترین رویدادها
-
استفاده از تحلیل اهمیت-عملکرد در ارائه الگوی مدیریت خلاقیت سازمانی و ارائه راهکار جهت بهبود
-
بررسی تاثیر ارزش وجوه نقد مازاد بر ساختار سرمایه شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر سطح افشای ریسک بر قرارداد بدهی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران
-
بررسی تأثیر رتبه بندی اعتباری مبتنی بر مدل امتیاز بازار نوظهور بر نقد شوندگی سهام با تأکید بر خصوصی سازی شرکت ها
-
تأثیر آمیخته بازاریابی پوشاک ایرانی بر تصویر ذهنی مشتری پوشاک ایرانی (هاکوپیان)
-
ارزیابی پتانسیل روانگرایی در خاکهای رسی مطالعه موردی: سایت اجرایی ایستگاه پمپاژ جزیره مینو
-
طراحی تفرجگاه ساحلی شهرستان محمودآباد در جهت بهبود تصویر ذهنی مقصد با رویکردی بر ارتقای جذب گردشگر
-
modeling thermal conductivity augmentation of nanofluids using diffusion neural networks
-
improvement of dry float–sink separation of smaller sized spheres by reducing the fluidized bed height
-
ranking the chemical firms listed in tehran stock exchange by topsis method
مقالات جدیدترین ژورنال ها
-
مدیریت و بررسی افسردگی دانش آموزان دختر مقطع متوسطه دوم در دروان کرونا در شهرستان دزفول
-
مدیریت و بررسی خرد سیاسی در اندیشه ی فردوسی در ادب ایران
-
واکاوی و مدیریت توصیفی قلمدان(جاکلیدی)ضریح در موزه آستان قدس رضوی
-
بررسی تاثیر خلاقیت، دانش و انگیزه کارکنان بر پیشنهادات نوآورانه کارکنان ( مورد مطالعه: هتل های 3 و 4 ستاره استان کرمان)
-
بررسی تاثیر کیفیت سیستم های اطلاعاتی بر تصمیم گیری موفق در شرکتهای تولیدی استان اصفهان (مورد مطالعه: مدیران شرکتهای تولیدی استان اصفهان)
-
مروری بر اثر فاکتورها و روش های خشک کردن گیاهان دارویی در فرآیند های پس از برداشت، روی کمیت و کیفیت گیاهان دارویی
-
تاثیر ارزش ویژه برند برموفقیت شرکتهای پیمانکار درمناقصات (مورد مطالعه: شرکت پیمانکاری جهاد نصر زنجان)
-
بررسی تاثیر قیمت نفت و نوسانات آن بر بازده دارایی شرکت ها پذیرفته شده در صنعت شیمیایی و پالایشی بورس اوراق بهادار تهران
-
مواجهه در غیاب ؛ اصول اساسی دیالوگ میان نظریه های ادبی نامتجانس
-
جایگاه دانش سیاسی و مدیریت در علوم حکمرانی
سوال خود را در مورد این مقاله مطرح نمایید :